地衣芽孢桿菌的作用機制是以菌治菌，活菌進入腸道后，對葡萄球菌、酵母樣菌等致病菌有抵抗作用，而對雙歧桿菌、乳酸桿菌、擬桿菌、消化性鏈球菌有促進生長作用；
可促使機體產生抗菌活性物質、殺滅致病菌；此外通過奪氧生物效應使腸道缺氧，有利于大量厭氧 菌生長，造成腸道低氧環(huán)境，對腸道內的雙歧桿菌、擬桿菌、消化鏈球菌等有益健康的厭氧 菌的生長繁殖有促進作用；
對葡萄球菌、白色念球菌、酵母樣菌等致病菌則有拮抗作用。通過這種雙重作用可以調整腸道菌群失調，維持機體腸道微生態(tài)平衡，從而對腸道疾病達到治療和預防的目的。
此外，將地衣芽孢桿菌應用于微生物肥料，能較強的促使土壤中的有機質分解成腐殖質，極大的提高土壤肥效。
綜上，地衣芽孢桿菌可用于飼料添加劑，畜牧、家禽、特種動物及寵物養(yǎng)殖，微生物肥料以及水產養(yǎng)殖環(huán)境處理。